ฤดูใบไม้ผลิปลายถึงต้นฤดูใบไม้ร่วง (พฤษภาคมถึงตุลาคม) เป็นเวลาที่เหมาะสมที่สุดในการเยี่ยมชมยาคุชิมะ โดยมีสภาพอากาศที่เอื้ออำนวยที่สุดสำหรับกิจกรรมกลางแจ้งและการเดินป่า อย่างไรก็ตาม ยาคุชิมะมีชื่อเสียงในเรื่องสภาพอากาศที่มีฝนตก ดังนั้นควรเตรียมพร้อมสำหรับฝนในทุกเวลา