นินนาจิสามารถเข้าถึงได้ง่ายจากสถานีโอมูโรนินนาจิบนสายคิเบฟุกุคิทาโนซึ่งอยู่ห่างออกไปเพียงเดินเท้าสั้น ๆ สำหรับผู้ที่เดินทางโดยรถบัส เส้นทางหมายเลข #10, #59 และ #26 จอดใกล้วัด นอกจากนี้ยังมีรถบัส JR ตรงจากสถานีเกียวโตซึ่งสะดวกสำหรับผู้ถือบัตร JR Rail Pass