Kamikōchi alberga una gran variedad de fauna. Los más habituales son los macacos japoneses, también conocidos como monos de las nieves, que suelen avistarse cerca del río Azusa. Otra fauna incluye diversas especies de aves, como lagopodos, pájaros carpinteros y zorzales. También se pueden ver mamíferos más pequeños, como ardillas, y, si tiene mucha suerte, podría incluso vislumbrar al esquivo sirau japonés, un caprino antilópido autóctono de Japón.