La colección de 80.000 objetos del museo presenta cerámica excepcional del periodo Jomon con elaborados patrones marcados en cordones que datan de hace más de 10.000 años, junto con campanas y armas de bronce del periodo Yayoi. Son especialmente notables los bienes funerarios rituales, incluyendo cuentas de jade en forma de coma llamadas magatama, y figurillas de arcilla llamadas dogu. El museo también exhibe artefactos raros de la antigua Mesopotamia y Egipto, incluyendo tablillas cuneiformes y estuches de momias, que proporcionan un contexto arqueológico intercultural.