Las montañas Shirakami albergan una fauna diversa, incluyendo el oso negro asiático (conocido localmente como oso lunar), el serow japonés (un antílope cabra), macacos japoneses y varias especies de aves como pájaros carpinteros y águilas reales. El rico ecosistema de bosques de haya apoya esta biodiversidad proporcionando abundantes fuentes de alimento, especialmente nueces de haya, que son cruciales para la supervivencia de muchos animales, especialmente durante los meses de invierno.
