La isla Yonaguni ofrece alojamientos limitados pero cómodos, incluyendo casas de huéspedes tradicionales minshuku, pequeños hoteles y lodges de buceo. Las opciones populares incluyen el Hotel Irifune, Minshuku Maehama y alojamientos orientados al buceo cerca del puerto de Kubura. Reserva alojamiento con antelación, especialmente en temporada alta de buceo, ya que la isla tiene habitaciones limitadas para turistas.