สถานีเกียวโตมีบริการโดยหลายเส้นทางรถไฟ รวมถึง Tokaido Shinkansen (รถไฟหัวกระสุน) ของ JR West, เส้นทาง JR Nara, เส้นทาง JR Sagano และเส้นทาง JR Kyoto นอกจากนี้ยังเชื่อมต่อกับเส้นทาง Kintetsu Kyoto Line และเส้นทาง Karasuma Line ของรถไฟฟ้าใต้ดินเมืองเกียวโต