El estanque Yui fue creado por un gran deslizamiento de tierra desde los acantilados circundantes. Con el tiempo, se formó una depresión en el centro del área del deslizamiento y se llenó de agua, dando lugar finalmente al estanque tal y como existe hoy. Curiosamente, teorías anteriores sugerían que el estanque era o bien un vestigio de un cráter volcánico o un lugar de impacto de meteorito, pero estudios geológicos recientes han revelado el origen del deslizamiento.
